第三季的故事紧接第二季。魔法科高校即将举办国际魔法交流赛事“九校战”的扩大版。司波达也与妹妹深雪作为选手参赛。然而，一股来自北亚联盟的神秘势力渗透进赛事，他们的目标是抓捕拥有“分解与重组”魔法的达也，以及他体内隐藏的战略级魔法“质量爆散”。与此同时，达也的真实身份——战略级魔法师“银河星君”也逐渐被各国情报机构确认。在赛事期间，一场由多国暗杀部队发起的围剿行动全面展开。达也必须一边保护妹妹和同学，一边揭开北盟真正意图背后的黑色交易。
经费充足，打斗场面比前两季更加流畅酷炫。虽然主角依然“龙傲天”，但世界观在第三季中极大地扩展了，政治阴谋线更加复杂，观感爽快。
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